市内中心部まで
関西地区各地からは出発地によってJR・私鉄各線を使い分けるが、京都駅周辺はJR・近鉄、四条河原町周辺は阪急・京阪のターミナルと主に二箇所に分散している。中長距離バス路線は殆どが京都駅前始終着である。
東海道・山陽新幹線沿線からは、大阪市内や神戸市内と比べて関西地区の各空港との距離が離れている事（一番近い伊丹空港でも1時間はかかる）や、京都駅にのぞみをはじめ全ての列車が停車することから、新幹線が航空機に対して圧倒的に優位に立っている。
また、京都府内のみならず、大阪府北東部や滋賀県南部および奈良県北部への新幹線の玄関口としての機能も持つ。
市内路線バス
市内の移動は路線バスがメインとなる。観光シーズンになると積み残しが続出する状況も珍しくなく、慢性化している渋滞が更に悪化して所要時間が全く読めなくなる事から、鉄道各社線との乗り継ぎ利用でそれらのリスクを最小限に抑える利用方法を取る乗客もいる。
京都市交通局（市バス）・京阪京都交通・京都バス・京阪バス・阪急バス・西日本JRバスとの間では、従来より回数券の共通化を行っており、地下鉄割引券込みの物も販売されていた。京都市バス・京都バス（それぞれ一部路線除く）および地下鉄全線が乗り放題の「京都観光一日・二日乗車券」が発売されている（他にも市バス均一区間専用の一日乗車券、市外発の市内各線フリーきっぷ込みの割引きっぷ類などもあり）。
運行地域は、市バスが旧市街地中心で、京阪京都交通は西京区並びに亀岡方面からの乗り入れ、京都バスが右京区嵯峨地区と左京区岩倉・鞍馬・大原地区、京阪バスが山科区と伏見区東部および比叡山方面、阪急バスが西京区（洛西ニュータウン）、西日本JRバスが旧京北町からの乗り入れとなっているが、一部競合区間が存在する。
乗降方式は後乗り前降りで、旧市街地周辺は均一運賃制(220円)。均一区間外は整理券方式の区間運賃制となっている。
・京都市営バス（京都市交通局）※#
・京都バス※#
・京阪バス※#
・阪急バス※#
・近鉄バス※
・京阪京都交通#
・ヤサカバス#
・西日本JRバス#
・京北ふるさとバス
・プリンセスラインバス
※はスルッとKANSAI対応カード（乗り放題カード類含む）が利用可能な会社
＃は京都市域バス共通回数券が使用可能な会社
高速バス
京都駅と名古屋駅を結ぶ名神ハイウェイバスや、首都圏などと京都を含む京阪神地区を結ぶ多くの高速路線バス、ツアー形式の貸切バスが運行されている。
高速路線バスについては、京都駅を発着又は経由するものは京都駅#高速バスの項を、京都駅を経由しないものは名神京都深草バス停の項を参照。（一部重複あり）
中央駅は京都駅。名称の違う同一駅・隣接駅が多いので注意が必要。JR西日本各線および近鉄線ではJスルーカード、嵯峨野観光鉄道を除く私鉄・地下鉄各線ではスルッとKANSAIカード対応。また、ICカード乗車券はJR西日本ではICOCAとSuicaにPiTaPaおよびTOICA（電子マネー機能はICOCAとSuicaのみ）、近鉄・京阪・阪急ではICOCA・PiTaPaが利用可能（順次各社拡大予定）。
京都市営地下鉄（京都市交通局）
宇治市にある六地蔵駅を除き全線市内
・烏丸線 ： 国際会館駅 - 松ヶ崎駅 - 北山駅 - 北大路駅 - 鞍馬口駅 - 今出川駅 - 丸太町駅 - 烏丸御池駅 - 四条駅 - 五条駅 - 京都駅 - 九条駅 - 十条駅 - くいな橋駅 - 竹田駅
・東西線 ： 太秦天神川駅 - 西大路御池駅 -二条駅 - 二条城前駅 - 烏丸御池駅 - 京都市役所前駅 - 三条京阪駅 - 東山駅 - 蹴上駅 - 御陵駅 - 山科駅 - 東野駅 - 椥辻駅 - 小野駅 - 醍醐駅 - 石田駅 -
東海旅客鉄道
・東海道新幹線 ： - 京都駅 -
西日本旅客鉄道
・東海道本線（琵琶湖線・JR京都線） ： - 山科駅 - 京都駅 - 西大路駅 - ※JR桂駅（仮称） -
・山陰本線（嵯峨野線） ： 京都駅 - 丹波口駅 - 二条駅 - 円町駅 - 花園駅 - 太秦駅 - 嵯峨嵐山駅 - 保津峡駅 -
・湖西線 ：山科駅 -
・奈良線 ：京都駅 - 東福寺駅 - 稲荷駅 - JR藤森駅 - 桃山駅 -
近畿日本鉄道
・京都線 ：京都駅 - 東寺駅 - 十条駅 - 上鳥羽口駅 - 竹田駅 - 伏見駅 - 近鉄丹波橋駅 - 桃山御陵前駅 - 向島駅 -
京阪電気鉄道
・京阪本線 ： - 淀駅 - 中書島駅 - 伏見桃山駅 - 丹波橋駅 - 墨染駅 - 藤森駅 - 深草駅 - 伏見稲荷駅 - 鳥羽街道駅 - 東福寺駅 - 七条駅 - ※五条駅 - ※四条駅 - 三条駅
・鴨東線 ： 三条駅 - ※丸太町駅 - 出町柳駅
・宇治線 ： 中書島駅 - 観月橋駅 - 桃山南口駅 - 六地蔵駅 -
・京津線 ： 御陵駅 - 京阪山科駅 - 四宮駅 -
阪急電鉄
洛西口駅は西京区と向日市の境
・京都本線 ： - 洛西口駅 - 桂駅 - 西京極駅 - 西院駅 - 大宮駅 - 烏丸駅 - 河原町駅
・嵐山線 ： 桂駅 - 上桂駅 - 松尾駅 - 嵐山駅
京福電気鉄道（嵐電）
全線市内
・嵐山本線 ： 四条大宮駅 - 西院駅 - 西大路三条駅 - 山ノ内駅- 嵐電天神川駅（仮称) - 蚕ノ社駅 - 太秦広隆寺駅 - 帷子ノ辻駅 - 有栖川駅 - 車折神社駅 - 鹿王院駅 - 嵐電嵯峨駅 - 嵐山駅
・北野線 ： 帷子ノ辻駅 - 常盤駅 - 鳴滝駅 - 宇多野駅 - 御室仁和寺駅 - 妙心寺駅 - 龍安寺駅 - 等持院駅 - 北野白梅町駅
叡山電鉄
全線市内
・叡山本線 ： 出町柳駅 - 元田中駅 - 茶山駅 - 一乗寺駅 - 修学院駅 - 宝ヶ池駅 - 三宅八幡駅 - 八瀬比叡山口駅
・鞍馬線： 宝ヶ池駅 - 八幡前駅 - 岩倉駅 - 木野駅 - 京都精華大前駅 - 二軒茶屋駅 - 市原駅 - 二ノ瀬駅 - 貴船口駅 - 鞍馬駅
嵯峨野観光鉄道
・嵯峨野観光線 ： トロッコ嵯峨駅 - トロッコ嵐山駅 - トロッコ保津峡駅 -
自家用車利用は高速道路・一般道路利用共に市内とその周辺を含めて渋滞が慢性化しており、特に観光シーズンとなると更に悪化する。市内の駐車場も不足状態であり、注意が必要。駐輪スペースを確保出来れば、自転車や原付含む自動二輪の方が柔軟な移動が出来る。ベロタクシーの日本発祥の地でもある。特に近年、地球温暖化防止の観点からも見直されたことが重なってレンタサイクルが急増しており、宿泊客に対して無料で自転車を貸し出す等のサービスを行うホテル、旅館も増えている。
高速自動車国道
・名神高速道路（京都南IC、京都東IC）
一般国道
国道1号｜第二京阪道路（一般国道1号有料道路）｜国道8号（国道1号と重複）｜国道9号｜国道24号｜国道162号｜国道171号｜国道367号｜国道477号｜国道478号（京都縦貫自動車道，京都丹波道路。有料）｜沓掛IC
都市高速道路
・阪神高速道路8号京都線（伏見出入口(第二京阪道路接続部) - 山科出入口：建設中）
主要府道
<越境路線のみ記載>
大阪府道・京都府道6号枚方亀岡線｜京都府道7号京都宇治線｜京都府道10号大山崎大枝線｜京都府道｜大阪府道13号京都守口線｜京都府道15号宇治淀線｜京都府道｜滋賀県道30号下鴨大津線｜滋賀県道｜京都府道35号大津淀線｜滋賀県道｜京都府道36号大津宇治線｜京都府道38号京都広河原美山線｜京都府道50号京都日吉美山線｜京都府道｜大阪府道67号西京高槻線｜京都府道78号佐々江下中線｜京都府道｜大阪府道79号伏見柳谷高槻線｜京都府道81号八幡宇治線
